1399年

正月　命礼部侍郎董伦、王景等十人修太祖实录，又命侍讲学士方孝孺总其事。

二月　追尊朱标为孝康皇帝，庙号兴宗。妣常氏为孝康皇后。尊母妃吕氏为皇太后。册太孙妃马氏为皇后，立皇长子文奎为皇太子。封弟允熥为吴王，允为衡王，允熙为徐王。侍讲方孝孺，为了复古，建言：升六部尚书为正一品，设左右侍中，位在侍郎上。改都察院为御史府，都御史为御史大夫。罢十二道为左、右两院，左曰拾遗，右曰补阙。改通政史司为寺，大理寺为司。詹事府增置资德院。翰林院复设承旨。改侍读、侍讲学士为文学博士。设文翰、文史二馆，文翰以居侍读、侍讲，文史以居修撰、编修、检讨。殿、阁大学士并去“大”字，各设学士一人。改谨身殿为正心殿，增设正心殿学士一人。其余内外、大小诸司及品级、阶勋，均仿《周礼》制更定。帝皆从之。

三月　调兵加强北平周围，并密谕北平左政使张昺、都指挥使谢贵等严为之备。遣刑部尚书暴昭及户部侍郎夏原吉等二十四人充采访使，分行天下。昭至北平得燕王诸不法状，密奏之。

四月　湘王柏自焚死。齐王榑、代王桂皆以罪废为庶人。

六月　岷王楩以罪废为庶人。

七月　诏逮燕府官属。王与护卫张玉、朱能、道衍谋，决定以计取之。伏兵端礼门内，遣人示以朝廷所逮之姓名，张昺、谢贵乃至，伏兵起，擒张昺、谢贵及葛诚，皆斩之。燕王举兵反，上书指斥齐泰、黄子澄为奸臣。并根据祖训所言：“朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，为天子讨平之。”称其师曰“靖难。”爆发“靖难之役。” 帝阅长兴侯耿炳文所率北伐大军败于真定，有忧色，另拜曹国公李景隆为大将军，召炳文还京师。召辽王朱植、宁王朱权至京师，宁王不至乃削其护卫，辽王至京师，亦徙之荆州。是岁，帝建省躬殿。

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8月6日燕王朱棣起兵于北平，以“清君侧”为名，发动“靖难之役”。

9月30日亨利四世宣布成为英格兰国王。